日本在留资格的办理途径主要有以下几种：
通过日本驻华使馆申请
申请人可以直接向日本驻华使馆提出申请，并提供相关材料。
使领馆接受申请后，将所有材料邮送至日本外务省，再转至法务省，最后由法务省将材料转交至录用或录取外国人单位所在地的地方入境管理局。
审批过程需要2至3个月时间，签证发放后，申请人需持“认定书”到日本驻华使馆办理签证。
通过日本国内的代理人申请
申请人可以委托在日本的亲友、准备上学的学校或应聘去工作的单位，由他们出面代理，直接向学校或单位所在地的地方入境管理局申请。
审批过程相对较快，签成的希望较大。代理人或代理单位在申请获批后，将“认定书”交给申请人，再由申请人持证到日本驻华使馆办理签证。
通过学校申请
学生在获得学校接收后，需要准备一整套完整的材料，递交到日本的入国管理局，申请“在留资格认定证明书”。
该证明书通常由所报读的学校代为申请，但某些学校可能不提供代办服务，学生需要自己联系教授或在日的相关资格人员（如行政书士）来进行申请。
通过日本保证人申请
日本保证人持有关学校的入学许可和身元保证书、纳税证明、身份证明等材料，通过当地的入国管理局向法务省申请“在留资格认定证明书”。
