从国内出发去日本，最方便的城市有以下几个选择：
上海：
上海有多个机场，包括虹桥和浦东机场，直飞日本的航班较多，且航班频率较高，从上海出发无论是时间还是经济上都比较便利。
北京：
北京首都国际机场有直飞日本多个城市的航班，包括东京、大阪、札幌等，也是较为方便的选择。
广州：
广州白云国际机场同样有直飞日本多个城市的航班，如东京、大阪、福冈等，航班选择较多，价格也比较合理。
深圳：
深圳宝安国际机场也有直飞日本多个城市的航班，包括东京、大阪、名古屋等，出行较为便捷。
杭州：
杭州萧山国际机场有直飞东京、大阪等城市的航班，航班频率较高，从杭州出发也比较方便。
总的来说，从国内多个城市出发去日本，上海、北京、广州、深圳和杭州都是较为方便的选择，具体哪个城市出发最合适，还需根据个人的居住地、航班选择、时间等因素综合考虑。
