帝京大学与东京工科大学相比，根据提供的信息，帝京大学在日本国内的排名更高，并且拥有更多的学科设置和研究中心，包括医学部、药学部、经济学部等10个学部，以及8个研究生院和15个研究中心。此外，帝京大学在某些领域，如医真菌研究方面享有良好的声誉。
如果您考虑的是地理位置、学科设置、研究设施或学校声誉，帝京大学可能是更好的选择。然而，选择哪所大学最终还需根据您的个人情况和目标进行决定。
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