办理日本在留资格证的费用主要包括以下几个部分：
1. 护照费用：约120-160元人民币。
2. 亲属关系公证书费用：约200元人民币（如果自己做经费支付人则不需要此项）。
3. 日语考试报名费：约350-550元人民币。
4. 在留资格认定证明书费用：现行收费为4,000日元，计划上调至6,000日元。
5. 在留卡更新费用：目前费用为3,000日元，预计调整至5,000日元。
6. 永住许可费用：当前为8,000日元，提议增加至10,000日元。
7. 登陆许可（针对短期入境者）及其他部分服务费用也将相应调整。
综合以上信息，办理日本在留资格证的总费用大约在670~910元人民币左右，具体费用可能因时间和政策调整而有所变化。建议在准备办理前，查询最新的官方信息以获得准确费用。
