香港科技大学设有多个学院，以下是部分学院及其包含的系：
理学院
生物化学系
生物学系
化学系
数学系
物理学系
工学院
化学工程学系
土木工程学系
计算机科学及工程学系
电子及计算机工程学系
环境工程学系
工业工程及工程管理学系
机械工程学系
工商管理学院
专业会计学
经济学
财务管理
信息系统学
物流管理
环球商业管理
人文社会科学学院
环球中国研究
人文研究
社会科学
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