日本最好的学校是一个主观问题，其答案可能因评价标准和个人偏好而异。然而，根据多个排名机构的综合评估，以下几所大学通常被认为是日本最好的学校：
东京大学：
东京大学成立于1877年，是日本第一所国立综合性大学，也是亚洲最顶尖的研究型大学之一。它在物理学、化学、生物学科等多个领域均位于世界前十水平，并在世界大学排名中始终名列前茅。
京都大学：
京都大学是世界闻名的顶尖综合研究型大学，与东京大学并称为日本的“清华北大”。它在基础研究、应用研究、文科系和理科系等方面都取得了卓越的成就，并在全球享有极高的声誉。
东京工业大学：
东京工业大学以理工科著称，尤其在工程技术和自然科学方面具有世界领先水平。该校在体育科技研究上也处于领先地位，男女比例失调，女生在学术上表现出色。
大阪大学：
大阪大学是一所位于大阪的顶尖综合性大学，以其在多个学科领域的优秀表现而闻名。尽管在某些排名中可能略低于前三名，但它仍然是一所备受推崇的学校。
东北大学 、 名古屋大学、 九州大学、 北海道大学：
这些大学也都在日本乃至全球享有很高的声誉，并在各自的学科领域有着卓越的表现。它们通常位于日本的前十名大学之列。
筑波大学：
筑波大学以高新科技研究为主体，坐落在筑波学园都市，是体育科技研究的世界领先机构之一。
早稻田大学和 庆应义塾大学：
这两所私立大学在日本享有极高的声誉，以国际化的教育环境和卓越的学术成果而著称。早稻田大学在培养政治家和商业领袖方面表现突出，而庆应义塾大学在协作和实践科学方面有着独特的优势。
综上所述，日本最好的学校可以根据不同的评价标准有所变化，但东京大学、京都大学、东京工业大学、大阪大学、东北大学和名古屋大学通常被认为是日本最顶尖的学校。筑波大学、早稻田大学和庆应义塾大学也是值得重点考虑的高等教育机构。
