东京艺术大学设有以下主要系别：
美术学部
绘画系：日本画、油画、壁画、版画、油画技术/材料
雕塑系：雕塑
工艺系：工艺品、金属雕刻、锻造、铸造、漆艺（漆工/木工）、陶艺（陶瓷/磁/玻璃造型）、染色和编织
设计系：设计
建筑系：建筑设计
先端艺术表现系：先进艺术表达
艺术系：艺术（艺术史美学）
音乐学部
作曲系：作曲
声乐系：声乐
乐器系：钢琴、风琴、弦乐（小提琴、中提琴、大提琴、低音提琴、竖琴）、管乐打击乐（长笛、双簧管、簧管、法戈特、萨克斯、喇叭、小号、长号、次中音号、ﾁｭｰバ、ﾃｨﾝパﾆｰ）、室内乐、古典乐
指挥系：指挥
日本音乐系：日本音乐
音乐学系：音乐学（西方音乐史、日本音乐史、东方音乐史、音乐美学、音乐理论和音乐民族学）
音乐环境创作系：音乐环境创作
此外，东京艺术大学还设有 研究生院，包括美术研究科、音乐研究科、映像研究科和国际艺术创造研究科等研究科。
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