日本的学科体系主要分为以下几大类：
文科
人文科学系统：包括外国语、外国文学、言语学、考古学、宗教学、心理学、人文地理、地域研究、哲学、日本文学、美学、文化人类学、文艺学、历史学等。
社会科学系统：包括观光学、教育学、经营学、经济学、国际学、communication学、社会学、商学、政治学、福祉学、法学、传媒学等。
文学部：涵盖文学、史学、哲学、心理学、宗教学、考古学等领域。
人文社会学：包括文学、哲学、伦理学、社会学、心理学、人文地理学、日本语学、日本文学、比较文学、中国文学、英米文学、德国文学、法国文学、美学、文艺学、音乐学、美术史学等。
理科
理学系统：包括数学、物理学、化学、生物学、地学、资源学等。
工学系统：包括机械工学、电子电气工程、情报工学、土木工学、建筑学、应用化学、应用物理学、应用生物学、原子力学、资源工学、材料工学、船舶工学、航空工学、经营工学、医用工学等。
医学：包括保健学、齿学、药学、看护学等。
文理融合科系
文理科合在一起的学部，如综合科学部、体育学部、文艺学部等。
其他专业
包括商船、家政、教育、艺术等专业。
日本大学的学科分类与中国的“文、理、工、商”有所不同，更注重文科和理科的细分以及文理融合。此外，日本大学在许多学科领域都有较高的国际排名，例如东京大学的现代语言学、物理学&天文学、牙科学、石油工程学等
